Đất Sài Gòn - Gia Định nằm trên vùng chuyển tiếp giữa hai vùng địa chất, hai khu vực địa hình - địa mạo khác nhau. Nơi đây trong lịch sử đầu Công nguyên cho đến trước thế kỷ XVI là vùng tiếp giáp giữa nhiều quốc gia cổ, nơi gặp gỡ của nhiều cộng đồng dân cư, nơi chứa đựng nhiều ảnh hưởng của nhiều nền văn minh cổ ở khu vực Nam Đông Dương và Nam Á. Những cuộc tranh chấp, đặc biệt là từ thế kỷ XIII-XVII, đã biến vùng đất Sài Gòn - Gia Định, cho tới trước khi những cư dân Việt hiện diện, vẫn là miền đất hoang vu, vô chủ, là địa bàn sinh tụ lẻ tẻ của một vài nhóm cư dân cổ...

Theo kết quả nghiên cứu của các nhà địa chất học, vùng đất Sài Gòn và đồng bằng Nam Bộ được hình thành cách đây khoảng 6.000 năm, vào cuối thời kỳ Holoxen. Vào thời kỳ này, một đợt biển thoái cuối cùng, đã làm xuất lộ miền đồng bằng Nam Bộ và phù sa sông Tiền, sông Hậu đã phủ lên mặt đất một lớp màu mỡ. Về cảnh quan địa mạo, Sài Gòn vốn nằm trên lằn ranh tiếp giáp của hai vùng phù sa cổ, nay tương thích với hai vùng Đông Nam Bộ và miền Tây tức đồng bằng sông Cửu Long. Chính vì vậy, phía Bắc của thành phố là những dãy gò đồi thấp kéo dài từ phía chân cao nguyên Nam Trường Sơn, còn phía Đông, Nam thành phố là vùng đồng bằng thấp mà công cuộc bồi đắp còn dở dang.

Các nhà khảo cổ học trong và ngoài nước từ trước và sau năm 1975, đã phát hiện được trên địa phận Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh cũng như một số khu vực phụ cận nhiều di tích khảo cổ học. Qua đó, cho thấy sự xuất hiện của con người trên vùng đất Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh khá sớm. Ở đây đã tồn tại nhiều nền văn hóa từ thời kỳ đồ đá cho đến thời kỳ kim khí. Những người cổ từng sinh sống trên miền đất Sài Gòn từ nhiều thiên niên kỷ về trước đã biết đến kỹ thuật canh tác nông nghiệp. Họ không chỉ sinh sống trên miền đất cao phía Bắc - Tây Bắc, mà đã bước đầu chinh phục miền đất trũng phía Nam và Đông Nam. Một số phát hiện khảo cổ học cho thấy sự tồn tại của văn hóa Sa Huỳnh với những nét riêng trên đất Sài Gòn. Đó là thời kỳ phát triển rực rỡ của nền văn minh thời đại kim khí ở phía Nam. Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh, là một khu vực dày đặc những di chỉ tiền sử hết sức phong phú trải dài trong khoảng 3.000 năm trước văn hóa Óc Eo.
Từ đầu Công nguyên cho đến thế kỷ VII, là thời kỳ của văn hóa Óc Eo. Đây cũng là thời kỳ tồn tại của nhiều tiểu quốc ở miền Nam Đông Dương. Sài Gòn vào thời kỳ này là miền đất có quan hệ với nhiều tiểu quốc đó.

Từ thế kỷ VII đến thế kỷ IX, sự tan rã của vương quốc Phù Nam đã có tác động và ảnh hưởng ít nhiều đến khu vực Nam Bộ.

Đầu thế kỷ IX, Thủy và Lục Chân Lạp thống nhất mở đầu cho thời đại Angkor. Tuy nhiên, trong suốt thế kỷ IX đến XI, đất Sài Gòn Gia Định, hầu như đứng ngoài những ảnh hưởng của văn hóa Angkor.

Từ thế kỷ XII trở đi sự tranh chấp và chiến tranh giữa các vương quốc cổ có xu hướng bành trướng, nhất là giữa Champa với Chân Lạp, giữa Champa với Đại Việt, cũng như sự mở rộng của vương quốc Xiêm La. Vùng đất Gia Định, Sài Gòn lại nằm trên lằn ranh của các cuộc tranh chấp đó. Sự tranh chấp kéo dài nhiều thế kỷ cho đến thế kỷ XVI khi các chúa Nguyễn tìm cách gây ảnh hưởng của mình với quốc vương Chân Lạp và nhắm đến những mục đích lâu dài về sau này.

Cuộc tranh chấp giữa các thế lực phong kiến, của các vương quốc cổ, đã xáo trộn các cộng đồng cư dân, dồn họ lùi sâu vào các rừng rậm nhiệt đới ở Đông Nam Bộ, Nam Tây Nguyên. Không ít địa bàn cư trú của họ trên vùng đất Sài Gòn - Gia Định và Đông Nam Bộ trở nên hoang hóa, vô chủ. "Như vậy từ thế kỷ XIII đến thế kỷ XVII, vùng đất giữa lưu vực sông Tiền hình như đang ở trong cơ cấu cư dân. Những nhóm người thưa thớt chỉ còn quần tụ ở một số thị trấn cổ ở Vũng Tàu - Bà Rịa, Prei Nokor..."