Lịch sử nguồn gốc Sài Gòn còn thuộc phạm vi giả định. Chưa có chứng cớ rõ ràng về các cuộc định cư đầu tiên. Thời kỳ trước thế kỷ XVII chỉ được biết thông qua một số di chỉ khai quật và văn bản chữ Hán hay quốc ngữ, thực hiện nhiều thế kỷ sau đó.

Phù nam, Chân lạp và các tiểu vương quốc "người thượng"

Ai đã có mặt nơi đây trước người Việt? Theo nhà khảo cổ Pháp Louis Malleret, trên địa bàn Sài gòn đã có người ở từ thời tiền sử. Nhưng lại thiếu các dữ liệu chứng minh nguồn gốc và quá trình diễn biến các cuộc định cư đầu tiên này.

Lịch sử Sài gòn có lẽ bắt đầu cùng với Công nguyên. Vào thời điểm này vương quốc Phù Nam (chịu ảnh hưởng cuả Ấn Độ) đã rất phát triển và bao trùm khắp Nam bộ. Cho đến thế kỷ thứ VI, Phù Nam là một đế quốc trải dài từ bán đảo Mã lai đến thung lũng sông Mê Nam (hay Chao Phraya của Thái Lan), rồi trung lưu sông Mê Kông và sau cùng là miền cực Nam Việt nam. Trung tâm Phù Nam nằm ở hạ lưu sông Mê Kông, khoảng giữa Phnom Penh và Châu Đốc, kinh đô là Vyâdhapura tức vị trí của tỉnh Prei Veng bây giờ. Sài gòn nằm trong khu vực trái độn giưã Phù Nam và đất thuộc vương quốc Chàm sau này. Tuy vậy trước đó tại đây đã có mặt các sắc tộc Malayo-polynésien. Và rải rác hơn là các bộ tộc Stieng, Chê ma, Koho, Mnong...

Kể từ thế kỷ thứ VII, vương quốc Khmer tiền-Angkor tức Chenla sát nhập các đất thuộc Phù nam cũ. Louis Malleret đã tìm thấy dấu vết cuả một "thành phố" có từ thời tiền-Angkor hay trước nưã. Đó chính là Prei Nokor, "Kinh đô giữa rừng xanh", mà Malleret cho là nằm trong tứ giác giới hạn bởi Gò Vấp, Thị Nghè ở phía Đông, Bà Điểm ở phía Bắc, Phú Lâm ở phía Tây và rạch Bến Nghé ở phía Nam.

Hai mươi năm sau cuộc khám phá này, Malleret cũng như một số nhà khảo cổ khác vẫn chưa dám khẳng định gì cả. Bởi lẽ dù có các chứng tích về sự có mặt của người Khmer tại địa điểm này, người ta vẫn chưa có thể giải thích và chứng minh nguồn gốc cũng như quá trình phát triển của việc định cư người Khmer.

Thực ra ở đây luôn bị bỏ lỏng và các sắc tộc giữ nguyên tính độc lập của họ. Có rất ít di chỉ liên quan đến việc định cư của người Khmer. Theo các nhà sử học (Nguyễn Đình Đầu chẳng hạn) điều đó chứng tỏ phía đông của Chenla kể cả Saigon hiện nay gần như không có cư dân và nhất là không hề được khai phá. Trước đó Lê Quý Đôn cũng đã từng viết : "cả một vùng rừng rậm trải dài hàng nghìn dặm tiếp giáp với cửa Cần Giờ, Soài Rạp, Cửa Tiểu, Cửa Đại"

Định cư tự phát của di dân người Việt

Có nhiều tài liệu Việt Nam nói về giai đoạn "lịch sử cận đại" này của Sài Gòn. Ngay từ đầu thế kỷ XVII tất cả các vùng có thể khai thác nông nghiệp đều đã thu hút di dân người Việt: châu thổ sông Đồng Nai, sông Mê Kông và cho tới sông Mê Nam của Thái Lan (đã có các làng người Việt ở Tonlé Sap và thậm chí ở Ayuthia, kinh đô Xiêm xưa). Làn sóng di cư này càng mạnh kể từ khi vương quốc Chàm bị xóa sổ. Bằng tàu bè người Việt đến định cư đầu tiên tại các vùng ven biển Bà Rịa, Đồng Nai trong đó có cả vùng đất Sài gòn. Đồng thời các dân tộc bản địa như Stieng, Ma, Koho và Mnong rút về hướng Bắc nơi họ đã có mặt. Riêng các làng Khmer thì rút về Tây ninh chung quanh núi Bà Đen vốn quen thuộc với họ. Nguyên nhân khiến người Việt di cư về phương Nam một cách tự phát này là các khó khăn kinh tế, các ràng buộc khắt khe của đời sống và tổ chức xã hội và cũng là tình hình các cuộc chiến kéo dài trên lãnh thổ Việt Nam lúc đó. Xét trên nhiều phương diện đây toàn là những người "có óc phiêu lưu", có bản lĩnh (do đó mới dám dời quê cha đất tổ).

Tại chỗ, di dân người Việt luôn giữ được phong tục tập quán của mình nhưng cũng hội nhập dễ dàng với dân bản xứ. Định cư người Việt có hai dạng. Thứ nhất là họ sống hòa nhập vào các trung tâm, phố xá của người Khmer thông qua các hoạt động thủ công nghiệp, thương mại và vận tải hàng hóa. Đặc biệt một số được triều đình Khmer trọng dụng trong công việc đóng tàu. Dạng định cư thứ hai của người Việt là các thôn ấp đặc thù trên các vùng chính họ đã khai hoang để sinh sống bằng nghề nông. Nguyễn Đình Đầu cho rằng ngay tại thời điểm này người Việt đã biến Sài gòn thành một trung tâm thương mại và thủ công nghiệp. Hoạt động chợ búa và thương điếm Sài gòn đã thực sự sánh vai ngang hàng với các kinh đô Phnom Penh và Ayuthia. Ngay từ thế kỷ XVII này Sài gòn đã trở thành nơi thu hút các tàu buôn. Ghe thuyền Việt, Trung cũng như tàu Mã Lai, Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha và Hòa Lan cạnh tranh dữ dội nhằm độc quyền buôn bán các tài nguyên vùng.

Từ bảo hộ đến sát nhập (1623 - 1698)

Từng bước một từ 1623 đến cuối thế kỷ chủ quyền Việt Nam được khẳng định trên nền đất từng thuộc ảnh hưởng Khmer này. Đây có thể nói là một sự hợp thức hóa quá trình định cư tự phát của người Việt đã diễn ra từ rất lâu như vừa nêu ở trên. Triều đình Cao Miên vì sự đe dọa liên tục của Xiêm luôn chủ động giao hảo tốt với nhà Nguyễn (kể từ nay đã kiểm soát một lãnh thổ rộng lớn tiếp giáp với Cao miên). Năm 1618 chẳng hạn, quốc vương Prey Chey Chessda kết hôn cùng một công chúa nhà Nguyễn. Liền sau đó Chúa Nguyễn được phép thiết lập trên đất Sài Gòn tức Prei Nokor này một trạm thu thuế nhập thị và thương chính.

Sự kiện này chứng minh tầm quan trọng về vị trí thương mại và chiến lược của Sài gòn trong các toan tính của triều đình Huế. Và theo các sử gia Bouchot và Moura, nếu đây không là một cuộc chinh phục được ngụy trang thì chí ít trạm thu thuế cũng là một đài quan sát các luồng xuất nhập hàng hóa và do đó nắm bắt được sự trù phú về tài nguyên của tòan vùng. Lại có thêm nhiều trạm thuế khác rải rác vùng lục tỉnh tương lai mục đích không ngòai việc kiểm soát vùng đất mới này.
Theo các tài liệu Việt cũng như Khmer đã có hai lần nhà Nguyễn động quân. Lần đầu vào năm 1658, đánh chiếm các thành quách Sài gòn và Loveck rồi Phnom Penh. Lần thứ hai, năm 1674, mượn cớ giảng hòa xích mích trong hoàng gia Cao Miên nhà Nguyễn buộc nhà vua Neac Thu, đóng tại Oudong, chấp nhận một Phó vương đóng tại Sài gòn là Neac Non. Cả hai Chánh, Phó vương đều phải triều cống nhà Nguyễn. Bốn năm sau chủ quyền của họ ngày càng giảm nhất là từ khi đồn Tân Mỹ được lập nên, đánh dấu một bước tiến mới của việc thiết lập chủ quyền người Việt.

Trong cùng một toan tính, Chúa Nguyễn đã chủ động cho phép một nhóm khá đông di dân người Hoa đến lập nghiệp tại những vùng đất trên danh nghĩa vẫn còn dưới quyền cai trị của triều đình Cao Miên.

Định cư người Hoa (1680)

Năm 1680 có khoảng 3000 người Hoa trên 50 thuyền cập bến Đà Nẵng. Các binh lính và gia đình của họ xin được quy phục nhà Nguyễn, lấy cớ là trung thành với nhà Minh nay họ không thể sống dưới nhà Thanh Mãn châu mới lên... Trước vấn đề khó xử này chúa Nguyễn đã nghĩ ra là nên sử dụng nhóm lâu la vào công cuộc Nam tiến bằng cách cho họ vào lập nghiệp tại một số vùng đồng bằng Nam bộ. Như vậy nhà Nguyễn vừa khéo léo đuổi được đám tàn quân khó kiểm soát đồng thời sử dụng họ chiếm giữ giùm cả một vùng lãnh thổ không thuộc chủ quyền của mình.

Một cánh người Hoa đến định cư ở Đồng nai trên địa điểm gần Biên hòa ngày nay. Một cánh khác về Tiền Giang, Mỹ Tho và họ nhanh chóng làm chủ hoạt động giao thông vận tải suốt vùng đồng bằng Cửu Long (kể cả "hoạt động" hải tặc !). Mỗi ngày tàu bè ngoại quốc ra vào càng nhiều; di dân người Việt đổ về ngày càng đông. Nếu người Việt tập trung trong các ngành nông và thủ công nghiệp thì các ngành vận tải đường thủy và kinh doanh thóc gạo nằm toàn bộ trong tay người Hoa.

Vai trò của người Hoa trong sự củng cố ảnh hưởng của triều Nguyễn trên vùng đất mới là điều không thể chối cãi song cũng có lúc họ tỏ ra khó trị. Đặc biệt năm 1688, nhà Nguyễn vừa phải cho quân diệt một nhóm người Hoa tạo phản vừa phải thuyết phục nhóm người Hoa trung thành tham gia vào cuộc chiến với nước Xiêm.

Về phương diện kinh tế và chính trị nhóm người Miên không có chỗ đứng đáng kể. Các trục trặc trong việc truyền ngôi của vương quốc Khmer đã từ từ dẫn đến hậu quả là Sài Gòn và kế đến là đồng bằng Cửu Long vĩnh viễn về tay Việt Nam: năm 1697 nhà vua ở Oudong băng hà, Nặc ÔngYêm là phó vương đóng tại Sài gòn lên thay và chúa Nguyễn chụp lấy cơ hội bổ nhậm Nguyễn Hữu Cảnh vào chức phó vương bỏ trống này. Ngay sau đó Phủ Gia Định được thiết lập và chia ra thành nhiều đơn vị hành chính đứng đầu là các quan văn và võ.

Vào thời kỳ này Sài gòn tuy rằng đã được coi là thủ phủ Gia Định nhưng vẫn chưa khẳng định được vị trí quan trọng của mình.

Nguồn: Sưu Tập